Zu den wichtigsten Themen von Netzwerk Recherche gehört die Auseinandersetzung mit den Einflüssen von Öffentlichkeitsarbeit/Public Relations auf journalistische Inhalte. In seinem Positionspapier zum Verhältnis von PR und Journalismus fordert nr: „PR-Einfluss auf Journalismus muss drastisch zurückgedrängt werden.“
In seinem Positionspapier „Die Macht der Pressesprecher – und die Rolle der Journalisten“ benennt Netzwerk Recherche Probleme im Verhältnis von Pressesprechern und Journalisten. Das Papier enthält ein Wörterbuch für Journalisten – PR-Sprech übersetzt in Klartext.
Eine Kurzstudie zum Thema Journalismus und Korruption präsentierte Netzwerk Recherche am 16.07.2013. Die Publikation „Gefallen an Gefälligkeiten“ ist eine Kooperation mit der Antikorruptionsorganisation Transparency International Deutschland, dem Institut für Journalistik der TU Dortmund und der Otto-Brenner-Stiftung.
„Journalismus in der Berliner Republik – Wer prägt die politische Agenda in der Bundeshauptstadt?“: Eine empirische Studie über den Zustand des Hauptstadtjournalismus veröffentlichte Netzwerk Recherche zusammen mit den beiden Autoren, dem Medienforscher Leif Kramp und Kommunikationswissenschaftler Dr. Stephan Weichert.
Zum Thema Korruption in Deutschland sind Fakten, Trends und Gegenstrategien in der Broschüre „Schatten der demokratischen Gesellschaft“ zusammengefasst. Die Ergebnisse einer Tagung über Korruption im Lokaljournalismus enthält die Studie „Das große Schweigen? Korruption und die Rolle des Lokaljournalismus“ .